本分局置分局長1人，綜理分局務，副分局長2人，襄理分局務，主任工程司1人，承分局長、副分局長之命，統籌督導本分局各項工程建設。

綜合科掌理事項如下：

• 計畫之研擬、審查、修正、控管與資料蒐集及數據分析。
• 土地之調查、徵收、撥用、登記之配合處理與地上物測量、查估及拆遷。
• 專案計畫與工程簡報之彙整及製作。
• 工程竣工後之財產移轉作業。
• 工程施作紀要彙整。
• 資訊作業管理及資通安全維護。
• 其他有關工程綜合業務事項。

土建軌道科掌理事項如下：

• 土建與軌道工程之設計、變更及預算編審。
• 土建與軌道工程替代工法之研擬及審查。
• 土建與軌道工程之景觀及公共藝術設置
• 測量工程之督導及考核。
• 軌道與測量材料、機具之招標文件編列、請購及檢驗。
• 場站之佈置、工程設計及預算編審。
• 土建與軌道工程及機電工程界面之整合協調。
• 其他有關土建及軌道事項。

機電科掌理事項如下：

• 機電工程之設計、變更及預算編審。
• 機電工程替代工法之研擬及審查。
• 機電工程施工及監造之督導。
• 機電工程品質之查核及管考。
• 機電工程及土建、軌道工程界面之整合協調。
• 其他有關機電工程事項。

工事科掌理事項如下：

• 工程品質管理制度之執行及督導、查核之彙辦。
• 工程履約爭議及人民陳情案件之處理。
• 工程進度管制、計價審核及竣工驗收。
• 工程契約及圖說資料之管理。
• 工程標案採購及相關專業訓練。
• 工程材料及帳務之管理。
• 土建與軌道工程施工、監造之督導及品質之查核、管考。
• 其他有關工事業務事項。

運務及安全衛生科掌理事項如下：

• 場站及行車旅運設施新建或改建協調。
• 施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。
• 軌道切換計畫之研擬及執行。
• 鐵道系統營運前各階段檢查作業及營運監督管理。
• 職業安全衛生管理及教育訓練。
• 工程災害防救及緊急應變。
• 計畫之環境影響評估、變更與承諾事項督導及水土保持管理。
• 其他有關運務及安全衛生事項。

秘書室掌理事項如下：

• 印信典守及文書、檔案之管理。
• 出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
• 國會聯絡、媒體公關事務之規劃、研擬、執行及管考。
• 工友（含技工、駕駛）之管理。
• 不屬其他各科、室、段、隊事項。

人事室掌理工程處人事事項。

政風室掌理工程處政風事項。

主計室掌理工程處歲計、會計及統計事項。

各工務段掌理事項如下：

• 土建工程之施工、監造、品質管理及相關計畫書之擬定或審查。
• 土建工程工地之安全衛生、環境保護及水土保持。
• 土建工程之設計變更及施工預算編審。
• 土建工程施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。
• 土建工程災害之緊急處理。
• 土建工程竣工、驗收、決算及財產移轉。
• 其他有關工務段事項。

各工程隊掌理事項如下：

• 軌道與機電工程之施工、監造、品質管理及 相關計畫書之擬定或審查。
• 軌道與機電工程工地之安全衛生及環境保護。
• 軌道與機電工程設計變更及施工預算編審。
• 軌道與機電工程施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。
• 軌道及機電工程災害之緊急處理。
• 軌道與機電工程竣工、驗收、決算及財產移轉。
• 其他有關工程隊事項。